基于quarto自动化编制肿瘤登记年报

基于河南省肿瘤登记年报发布实践的体会

陈琼博士 · 发布于 2024年9月25日 · 最后更新于 2025年4月6日

近年来发布肿瘤登记年报已经成为各省级或着市级肿瘤登记处的主要工作内容之一，本篇文章将向大家介绍基于R语言和quarto的方法实现自动化编写肿瘤登记年报的思路，希望通过这样的方式提高登记处工作效率。

肿瘤登记年报是肿瘤登记处发布肿瘤发病、死亡、生存等肿瘤监测流行病学数据的重要方式和途径。近年来，发布肿瘤登记年报也被纳入到健康中国行动-癌症防治行动实施方案中， 因此，这项工作也成为了各省级肿瘤登记处每年的重要工作内容，而如何高质量、高效率的完成此项工作也至关重要。

2022河南省肿瘤登记年报

2021河南省肿瘤登记年报

2020河南省肿瘤登记年报

1 肿瘤登记年报的特点

• 定期性和系统性: 肿瘤登记年报通常按年度发布，具备明确的时间周期性。这种年鉴式的定期报告使得研究者、公共卫生从业者以及医疗管理人员能够持续追踪和监测肿瘤的发生趋势、变化和分布情况。
• 权威性和参考性: 肿瘤登记年报一般由国家级或者省级卫生部门、肿瘤登记处等权威机构编制，具有较高的权威性，这也使年报成为卫生政策制定、科学研究、医疗服务优化的重要参考资料。对于年报发布者来说，保证数据真实有效至关重要。
• 以数据为主: 肿瘤登记年报以发布数据为主，通过文字描述或图、表等形式展示肿瘤流行病学数据。

基于肿瘤登记年报的这些特点，如果我们能以下面的这种状态完成年报编写工作就好了，一个人能独自在一天内无误地完成年报的编写工作，并且以完好的格式展示出来(标题、目录、页码、图和表的引用等均能完好展示)，当原始数据或基本统计数据有变化时，我们能够快速地（1分钟之内）更新最终结果。这就要求这个过程能够高效快速、具有可重复性、能够自动化。

2 肿瘤登记年报发布流程

flowchart LR
  A[数据审核] --> B[统计分析]
  B --> C[年报撰写]
  C --> D[正式出版]

肿瘤登记年报的发布流程大致可以分为以上几个阶段，其中，统计分析和年报撰写这两个阶段是可以控制的，因此，提高这两个阶段的效率就能提高年报出版和发布的整体效率。

3 编写思路

我以前曾经发过一篇介绍利用quarto进行论文写作的博文，其实我们也可以利用quarto进行书籍的编写，quarto系统内置了book的项目类型进行书籍的编写。

基本思路是利用可重复性报告的方法，利用qmd把文字描述和引用数据结合起来，从而形成综合的报告，通过knitr转换为md，再通过pandoc最终渲染为我们所需要的格式，比如docx、pdf或者html等。

陈 琼

博士 副主任医师

他从事肿瘤登记与人群流行病学研究，编写肿瘤登记年报，并开发和维护个人网站。他撰写博文，分享数据分析方法、可视化技巧和自动化报告解决方案，同时学习 R 语言，开发 R 包，不断探索高效的数据处理与展示方式。 🚀